大家此时都化解了误会，雪拉比摘了一颗果实送给佐罗亚，佐罗亚吃完又变成了雪拉比的样子，雪拉比受到了惊吓。雪拉比拉起佐罗亚，可惜佐罗亚不会飞- -||结果雪拉比被佐罗亚收服了0 0开始和他们一起去找MA。此时，追过来的智等人不幸被手下1给撞见了，所以惯例的主角就这么被库达抓起来了。智等人就这么被密封了。此时，三人组看到装着智的箱子误以为里面有三狗，所以准备去劫车，可惜他们RP实在不行，刚出来人家就走了-。-
皮卡四PM组（小皮、企鹅、佐罗亚、雪拉比）爬上了一棵大树，佐罗亚俯瞰着克拉伊万市，想着：MA，你到底在哪里？于是开始试图呼唤佐罗亚库。佐罗亚库似乎听到了那来自心灵深处的呼唤，竭力想冲破牢笼但是依旧是徒劳无功。雪拉比过来安慰佐罗亚，佐罗亚找了个窝，雪拉比用自己的力量装饰了一下，皮卡等人看着佐罗亚睡着了会心一笑。
库达这边，秘书莉欧卡不知在找什么资料，而且意外的破解了库达设置的密码（喂喂时间波纹这么烧饼的答案观众都猜得出来吧= =）。莉欧卡似乎明白了什么，手下1突然出现给莉欧卡下了命令，莉欧卡顺口答应了。莉欧卡来到了装着主角的箱子，箱子的密封打开了（主角早被憋死了吧应该- -），其实莉欧卡是无间道的卧底，其真实身份是记者，假扮秘书接近库达了解真相才是她的目的。（喂喂主角也玩这套呀- -）莉欧卡恢复了长发，刚叔显得有点鸡冻了-，-
就这样，莉欧卡就和主角等人一起“私奔”了（大雾）莉欧卡在皮艇上详细的向主角介绍了库达的目的：
20年前，库达来到了克拉伊万市的森林深处，成功找到了时间波纹，但是雪拉比出现了，一旦雪拉比进入时间的波纹，一切就完了，于是库达密令梦妖拖开了雪拉比，库达开始接收时间波纹，于是当库达接收完毕时，整个森林开始枯萎，雪拉比也逃开了。所以克拉伊万市才会面临当初的危机。从此，库达的左眼便可以看见未来的预示。
库达这边，他依旧在城里寻找着时间波纹，但是似乎进展很不顺利，所有的倒数时钟附近都没发现时间波纹。库达此时又看见了未来的预示:他紧紧的抓着雪拉比不放！
莉欧卡解释说，由于最近库达看见未来的能力在逐渐丧失，所以他才想再一次吸收时间波纹的能量。
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由于如果让库达再一次吸收能量的话，城里的植物会再次的枯萎，主角燃起斗志准备阻止库达的阴谋。
小皮这边，休息好以后，大家再度出击，却碰上了库达！库达很惊讶佐罗亚和雪拉比在一起。佐罗亚告诉雪拉比库达是坏人，让它小心，库达密令怨影娃娃攻击雪拉比，被老皮用10W解围，忍者蝉也加入了战斗，用影球攻击老皮等PM。佐罗亚声称会保护雪拉比的（喂喂你个二级神兽+PBO里算B类的PM要一只非神PM保护也太逊了吧- -）佐罗亚的幻影被库达破解了，怨影娃娃的影子球命中！佐罗亚倒下了，嘴里喊着MA...
佐罗亚库此时爆发了，把密封板打出了凹陷！此时，闪光炎帝突然降临城市，其他的2狗也赶来了！！大叔大妈看到炎帝跑过很兴奋。终于，佐罗亚库成功逃了出来！虽然受了不小的伤，但是愤怒和对佐罗亚的思念给予了它力量！
水君、炎帝、雷公聚集，三人组恰好路过，看到了佐罗亚和闪光三狗的对峙。
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皮卡和企鹅面临从树上摔下的危机，雪拉比想保护佐罗亚却被库达抓到了。库达又一次看到了未来的预示，这次是时间波纹！！雪拉比的呼唤，时间波纹出现了！！佐罗亚醒了过来，想去救雪拉比但是失败了。佐罗亚和雪拉比被库达重重的摔在地上。三狗和佐罗亚库激战，毁坏了城市。大妈和大叔躲在后面观战，想去劝架却被炎帝的火放打中了周围的树不得不逃开。
皮卡好不容易才拉着企鹅爬回了树上。库达想抓雪拉比，被老皮的10W阻止了，手下1密令巨钳螳螂去对付皮卡和企鹅。皮卡和企鹅被打了下来，幸好光的波克飞机即时赶来接住了他们。
智等人终于赶来了，库达看到莉欧卡说果然没错，莉欧卡很诙谐的来了句：你不用给我薪水也没关系- -|| 大家冲上前抱起佐罗亚和雪拉比，然后坐上汽艇开始逃跑。（作为主角啥的你们也太逊了吧- -打都不打就跑）野生的PM阻止了手下1的PM的进攻，库达说没事，自己早知道莉欧卡会背叛，而且自己知道接下来的发展。
三狗和佐罗亚库在城里激斗，佐罗亚库不断变换着形态逃跑，佐罗亚库发出了黑暗爆破，击退了3狗。智等人逃到了记者叔爷爷的工作间，大叔大妈也在这里。刚帮雪拉比包扎好，爷爷知道了20年前是库达干的好事。佐罗亚为没有保护好雪拉比而自责，大妈说起刚才看到真正的3狗来到了这里，但是它们把佐罗亚库当成敌人了。佐罗亚想去找佐罗亚库，雪拉比想跟去，但是伤势不允许。莉欧卡说带雪拉比去时间波纹那里或许就可以治好伤势。但是倒数时钟都被库达找过了，但是由于城里的植物没有枯萎，所以大家认为库达还没有找到。
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此时，爷爷突然说，其实倒数时钟还有1处！！是爷爷亲手设计的在竞技场内部的倒数时钟！！但是，智等人的一举一动都被库达监视着，于是库达赶往那一处时间波纹，皮卡发现了监视器用10W把它打坏了。于是，大家决定要一起阻止库达，拯救雪拉比！
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【从下面起，本片正式进入最高潮部分！！！！！！！！！】（此时片长：70分钟，剩余时间：20分钟）
但是记者叔说，库达知道未来会发生的事，所以，用大家的力量该变未来吧！！继续是下水道内，大家急速狂奔，赶往会场。佐罗亚库和3狗的对战还没有结束，佐罗亚库利用幻影限制了3狗，大叔大妈他们赶来解释误会。城里所有的PM也都赶来了，都是来解释误会的。（这真是个天大的误会丫、）
智这边，才刚出来就碰上了库达，光和刚放出了PM来阻止库达，库达命令手下1对付PM，自己则去取时间波纹（你觉得你一个人打的过傻多西君么- -）。库达走水路时看到智，决定利用汽车的速度优势超过智。皮卡的10W和梦巫的精神光线激烈碰撞，智放开了雪拉比让他去找时间波纹，库达命令PM去阻止雪拉比！
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光这边，企鹅轻松击倒了一群忍者蝉，但是形势不容乐观，手下1命令PM解决他们，就在这时，佐罗亚库出现了！又是一记威力强劲的黑暗爆破，直接击退了手下1和它的PM。
变成佐罗亚的雪拉比成功骗过了库达，但是由于受到了攻击，又变了回来，库达很是恼怒，古铜镜利用念力把库达的车掀翻了。古铜镜却受到攻击倒下了，佐罗亚冲上去咬住库达的手（喂喂你搞什么……）。库达抓起来佐罗亚，听到佐罗亚的呼唤，佐罗亚库立刻赶往那边。雪拉比原来躲在智的背包里，智终于来到了倒数时钟旁，刚想冲过去，却被梦巫用念力移开了！佐罗亚库出现想阻止库达，却再度因为佐罗亚在库达手里被要挟！佐罗亚库只能挨打不还手，库达奸笑着走向时间波纹。他放开了佐罗亚，开始吸收时间波纹。智警告他森林会再次枯掉的，库达说我才不管呢！终于，时间波纹再一次被库达吸收，智开始责问他，库达奸笑这回答这件事谁也不会知道的，20年前就是这样！
突然，佐罗亚库醒了过来，一切又恢复到了几分钟以前，库达生气的说：“是幻觉吗？我明明带了幻影解除环的！”再一看，原来解除环被佐罗亚给咬坏了！记者叔和莉欧卡也来了，佐罗亚疲惫不堪的爬向佐罗亚库，佐罗亚库用身体为佐罗亚挡住了怨影娃娃的影子球。佐罗亚库遭到了库达的攻击，十分痛苦，但是还是忍痛击飞了库达，此时光的企鹅用泡沫光线击开了梦巫，放下了智。梦巫来袭，古铜镜帮大家挡住了攻击，皮卡趁机爆发10W+高压电击干掉了梦巫。佐罗亚库用恶之波动打到了怨影娃娃。
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库达跌跌撞撞的退向时间波纹，佐罗亚库步步紧逼，库达大叫着时间波纹是属于我的！冲了过去，被闪光3狗直接包围拦住！苦库达逃跑了，佐罗亚库终于还是撑不住倒下了。库达逃跑着，以为自己终于逃上了飞机，却发现一切又是幻影，自己跌落在了足球世界杯的赛场上…………佐罗亚库此时满意的笑了。
大家为佐罗亚库的倒下而伤心，智喊着：你不是终于见到佐罗亚了吗？佐罗亚说着：MA,我会坚强的...我会变的...和MA一样强的...
此时，大家仿佛再一次看到了幻影，背景变成了大草原，那里原来是佐罗亚他们的故乡。佐罗亚哭着，喊着，但是佐罗亚库却仍然没有醒来……时间的波纹出现了，智抱着雪拉比跑过去，雪拉比成功进入了时间波纹。从时间波纹里回来的雪拉比飞向了佐罗亚库，利用自己和时间波纹的力量开始治疗佐罗亚库！
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这时，佐罗亚库的身体开始发光，他再一次睁开了眼！佐罗亚激动地喊着MA！母子深深对视，紧紧地抱在了一起。幻影解除了，还是这个森林，大家不由得感动了。雪拉比也恢复了活力，雪拉比飞过的地方，花再一次盛开了，多么美丽的画面啊。大叔大妈也过来了，看到这么美的景色也惊呆了。佐罗亚说着：雪拉比，谢谢你！雪拉比也该走了，仿佛我们又一次回到了那个M4,雪拉比永远穿梭在时空里，也许它没有永远的朋友，可是每个时空里，都有一群与它相遇，并一起冒险了人。此时的夜空仿佛更美丽了，大家深情的望着雪拉比远去的天空。
好了，让我们来看看库达这边，城里各处的电视里播放着库达和智的对话，一切的秘密都公开了，君莎带走了库达，库达是如此的不甘心。
最后，佐罗亚和佐罗亚库打上了渡轮回家去了，智吃着汉堡跑过来喊道：佐罗亚你不要变成我的样子啦！智等人向佐罗亚告别，智喊着：下一次！我一定会到你们那里去拜访的！（这算是剧透智取黑白地区么……）渡轮的汽笛响了，大家挥手告别……
小次郎询问喵喵，如果能看见未来会怎么样？喵喵回答一定会很无聊啦。武藏解释说，就是因为不知道未来是什么样的，才会觉得紧张刺激有趣啊。3人组躺在皮筏上，就这样顺流而下……嘴里喊着：“好棒的感觉啊~”
【The End】
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